Najczęściej występują dolegliwości ze strony układu pokarmowego (nudności, biegunka, wymioty) oraz zmiany skórne (wysypka, pokrzywka).
Poniżej wymieniono działania niepożądane kotrimoksazolu, według klasyfikacji układów i narządów.
Zaburzenia krwi i układu chłonnego
Agranulocytoza, niedokrwistość aplastyczna, hemolityczna lub megaloblastyczna, eozynofilia, hipoprotrombinemia, leukopenia, methemoglobinemia, neutropenia, małopłytkowość.
Zaburzenia układu immunologicznego
Zespół choroby posurowiczej, reakcje anafilaktyczne, (w tym ciężkie, zagrażające życiu), alergiczne zapalenie mięśnia sercowego, obrzęk naczynioruchowy, gorączka polekowa, plamica Henocha-Schoenleina, zespół toczniopodobny, dreszcze, wysypki alergiczne (często), objawy nadwrażliwości ze strony układu oddechowego, rzadko guzkowe zapalenie okołotętnicze, przekrwienie spojówki i twardówki oka.
Zaburzenia metabolizmu i odżywiania
Hiperkaliemia, hiponatremia, brak łaknienia, rzadko hipoglikemia.
Zaburzenia psychiczne
Depresja, omamy.
Zaburzenia układu nerwowego
Ból głowy, zawroty głowy, aseptyczne zapalenie opon mózgowych, drgawki, zapalenie nerwów obwodowych, ataksja, szumy uszne, apatia, nerwowość.
Zaburzenia układu oddechowego klatki piersiowej i śródpiersia
Duszność, kaszel, nacieki w płucach.
Zaburzenia żołądka i jelit
Biegunka, nudności, wymioty, bóle brzucha, zapalenie języka, zapalenie jamy ustnej, rzekomobłoniaste zapalenie jelit, zapalenie trzustki.
Zaburzenia wątroby i dróg żółciowych
Zwiększenie aktywności aminotransferaz, zapalenie wątroby niekiedy z żółtaczką cholestatyczną lub martwicą wątroby (rzadko).
Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej
Wysypka, pokrzywka, świąd skóry, nadwrażliwość na światło, złuszczające zapalenie skóry, rumień wielopostaciowy.
Bardzo rzadko zgłaszano przypadki zespołu Stevens-Johnsona (ang. SJS) i martwicy toksycznorozpływnej
(ang. TEN).
Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej
Bóle stawów, bóle mięśni.
Zaburzenia nerek i dróg moczowych
Krystaluria, niewydolność nerek, śródmiąższowe zapalenie nerek, toksyczny zespół nerczycowy z oligurią lub anurią, zwiększenie stężenia azotu pozabiałkowego, zwiększenie stężenia kreatyniny w surowicy, rzadko nasilenie diurezy.
Inne
Osłabienie, uczucie zmęczenia, bezsenność.